Wacław Koźmiński urodził się 16 października 1829 r. w Białej Podlaskiej, w rodzinie inteligenckiej, jako drugi syn Stefana i Aleksandry z Kahlów. Miał także dwie młodsze siostry. Był bardzo zdolny, po ukończeniu gimnazjum w Płocku studiował na wydziale budownictwa warszawskiej Szkoły Sztuk Pięknych. Będąc w gimnazjum zaniechał praktyk religijnych, a w czasie studiów zupełnie stracił wiarę.
23 kwietnia 1846 r. został aresztowany przez policję carską pod zarzutem udziału w spisku i osadzony w X pawilonie Cytadeli Warszawskiej. Wówczas ciężko zachorował; powracając do zdrowia, przemyślał dokładnie swoje życie i nawrócił się. Uwolniony z więzienia po blisko roku, podjął dalsze studia, a jednocześnie prowadził bardzo surowy tryb życia.
Po ukończeniu studiów, 8 grudnia 1848 r. wstąpił do klasztoru kapucynów. Już 21 grudnia przyjął habit zakonny i otrzymał imię Honorat. Pierwszą profesję złożył dokładnie rok później. Chociaż pragnął być bratem zakonnym, przełożeni polecili mu, aby przygotowywał się do kapłaństwa. Po ukończeniu studiów teologicznych przyjął święcenia kapłańskie 27 listopada 1852 r. Wkrótce został mianowany profesorem retoryki oraz sekretarzem prowincjała, lektorem teologii i spowiednikiem nawracających się. Zasłynął w Warszawie jako znakomity rekolekcjonista i misjonarz ludowy. Pracując w III Zakonie św. Franciszka, gorliwie działał w kościołach Warszawy. Swoją głęboką religijnością i troską o człowieka zjednywał wielu ludzi dla Chrystusa.
W 1861 roku, po kasacie zakonów przez władze carskie, o. Honorat został przewieziony do Zakroczymia pod Warszawą. Pomimo trudnych warunków tworzył tam dalej grupy tercjarek. Około 1889 r. zwrócił się do Stolicy Świętej o zatwierdzenie zgromadzeń bezhabitowych. W tym samym roku uzyskał aprobatę. Dzięki temu powstało 26 stowarzyszeń tercjarskich, z których na przestrzeni lat uformowały się liczne zgromadzenia zakonne. Ojciec Honorat stał się odnowicielem życia zakonnego i twórcą jego nowej formy zbliżonej do dzisiejszych instytutów świeckich. Poprzez swoje duchowe córki i synów starał się docierać do wszystkich środowisk i odrodzić w społeczeństwie ducha gorliwości pierwszych chrześcijan. Kierował tymi wspólnotami przez konfesjonał i korespondencję, ponieważ rząd carski nie pozwoliłby na formowanie się nowych zakonów, zaś w roku 1864 skasował zakon kapucynów, pozostawiając tylko klasztor w Zakroczymiu. Do dziś istnieją trzy zgromadzenia honorackie habitowe: felicjanki - powołane we współpracy z bł. Marią Angelą Zofią Truszkowską, serafitki i kapucynki oraz czternaście bezhabitowych, utajonych przed carskim zaborcą.
Zgromadzenia o. Honorata podejmowały prace charytatywne i apostolskie, m.in. wśród młodzieży szkolnej i rzemieślniczej, w fabrykach, wśród ludu wiejskiego, w przytułkach dla ludzi starych i upośledzonych. Powstały w 1893 r. na terenie Królestwa ruch mariawitów zaszkodził opinii o. Honorata. Gdy w 1908 r. biskupi zreorganizowali jego zgromadzenia, a ich postanowienie zatwierdził Watykan, zalecając o. Honoratowi powstrzymanie się od dalszego kierowania nimi, przyjął to z pokorą i posłuszeństwem.

Ostatecznie osiadł w Nowym Mieście nad Pilicą. W 1895 r. został komisarzem generalnym polskiej prowincji kapucynów i przyczynił się do znacznego rozwoju zakonu. Jednocześnie prowadził intensywną pracę pisarską, zabierał głos w aktualnych sprawach, zajmował się zagadnieniami społecznymi. Był człowiekiem wielkiej gorliwości, jeśli chodzi o zbawienie dusz. Wiele godzin spędzał w konfesjonale. Praktykował surowe umartwienia, sporo czasu spędzał na modlitwie.
Pozbawiony słuchu i cierpiący fizycznie, resztę lat spędził na modlitwie i kontemplacji. Wyczerpany pracą apostolską, zmarł w opinii świętości 16 grudnia 1916 r. 16 października 1988 r., w 10. rocznicę swego pontyfikatu, beatyfikował go św. Jan Paweł II. Bł. Honorat jest głównym patronem diecezji łowickiej.

W ikonografii bł. Honorat przedstawiany jest w habicie kapucynów.