Małgorzata przyszła na świat w roku 1247. Była córką Laviano, ubogiego ziemianina z wioski koło Chiusi (Toskania). W siódmym roku życia straciła matkę. Wyróżniała się niezwykłą urodą, toteż nie brakowało młodych, którzy ubiegali się o jej rękę.
Wśród jej wielbicieli znalazł się bogaty pan z Montepulciano, Arseniusz, który zaprosił młodą, niedoświadczoną dziewczynę na swój dwór i wiódł z nią rozpustne życie ku zgorszeniu całej okolicy. Po dziesięciu latach niemoralnego życia przyszła katastrofa: kochanek Małgorzaty został zamordowany w bliżej niewyjaśnionych okolicznościach. Małgorzata przypadkowo znalazła jego ciało, odgrzebane przez psa. To stało się dla niej punktem zwrotnym.
Udała się do Kortony, gdzie oddała się posłudze chorym w tamtejszym przytułku. Wstąpiła do III Zakonu św. Franciszka i zaczęła wieść pokutny żywot. Nazwano ją "Magdaleną zakonu franciszkańskiego". Dla naprawienia zgorszenia, jakie dotąd czyniła, przykładem swojego życia i nawoływaniem do pokuty wywarła tak wielki wpływ, że ściągali do niej grzesznicy nie tylko z Włoch, ale nawet z Francji i Hiszpanii. Pan Bóg obdarzył ją darem wysokiej kontemplacji, a nawet ekstaz i proroctw. Sprawdziły się na niej słowa, wypowiedziane przez Chrystusa do jawnogrzesznicy: "Odpuszczone są jej liczne grzechy, bo wielce umiłowała" (Łk 7, 47).
Wyniszczona przedwcześnie pokutą, pożegnała ziemię dla nieba 22 lutego 1297 roku, mając 50 lat. Papież Benedykt XIV wyniósł ją do chwały świętych. W Kortonie w ołtarzu głównym w kościele bernardynów (obserwantów) znajduje się bogata urna ze szkłem, w której dotąd odbierają żywą cześć relikwie Świętej.